馬克思主義學院的前身是1986年成立的馬列主義教研部。2016年2月，入選湖南省重點建設(shè)思想政治理論課教學科研機構(gòu)。2016年3月，學校正式成立馬克思主義學院。
學院下設(shè)5個教研室?，F(xiàn)有專職教師28人，其中教授4人、副教授10人；博士9人，博士后1人?，F(xiàn)有馬克思主義理論一級學科碩士學位點1個，湖南省中國特色社會主義理論體系研究中心湖南中醫(yī)藥大學研究基地1個，湖南省思想政治工作研究基地1個。
近三年，馬克思主義學院以建設(shè)省級重點思政機構(gòu)為契機，大力加強學科建設(shè)和隊伍建設(shè)，探索“一體四翼”教學改革模式，積極開展體現(xiàn)中醫(yī)院校特點的馬克思主義理論研究、理論教育和宣傳普及，大力推動黨的十九大精神與習近平中國特色社會主義思想進教材、進課堂、進學生頭腦，在建設(shè)成為省內(nèi)先進、國內(nèi)知名、同類院校有較大影響的馬克思主義理論研究、教育、宣傳陣地這一建設(shè)目標上已取得顯著的階段成果。