中藥學(xué)院始建于1985年，其前身是沈陽藥學(xué)院中藥系。學(xué)院現(xiàn)設(shè)有天然藥物化學(xué)系和中藥系。學(xué)院還設(shè)有學(xué)生實(shí)驗(yàn)中心、中藥標(biāo)本館、藥用植物園。
學(xué)院擁有國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥化學(xué)和中藥質(zhì)量控制兩個(gè)三級(jí)實(shí)驗(yàn)室、教育部與遼寧省創(chuàng)新藥物研究與設(shè)計(jì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省中藥現(xiàn)代化工程技術(shù)研究中心、中藥資源研究與開發(fā)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、遼寧省天然藥物提取分離與工業(yè)制備工程技術(shù)中心。還有沈陽藥科大學(xué)與日本北海道藥科大學(xué)共建的中成藥分析研究室、沈陽藥科大學(xué)與韓國(guó)東亞大學(xué)共建的中韓分子生藥學(xué)研究室。
學(xué)院有藥學(xué)和中藥學(xué)兩個(gè)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，十個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)和藥學(xué)博士后流動(dòng)站。天然藥物化學(xué)、生藥學(xué)、中藥學(xué)科都為省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，其中天然藥物化學(xué)學(xué)科被遼寧省列為沖擊國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科的26個(gè)學(xué)科之一，中藥學(xué)科為遼寧省重點(diǎn)發(fā)展的50個(gè)學(xué)科之一。中藥資源學(xué)為遼寧省優(yōu)勢(shì)特色學(xué)科。天然藥物化學(xué)被評(píng)為國(guó)家級(jí)精品課，生藥學(xué)、有機(jī)化合物波譜解析、藥用植物學(xué)被評(píng)為省級(jí)精品課，中藥制劑分析學(xué)被評(píng)為校級(jí)精品課。中藥學(xué)專業(yè)為國(guó)家級(jí)特色專業(yè)。天然藥物化學(xué)團(tuán)隊(duì)為省級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)，中藥化學(xué)實(shí)驗(yàn)中心為省級(jí)教學(xué)示范中心。
學(xué)院現(xiàn)有教職工74人，其中專任教師48人。教師中有中國(guó)工程院院士1人，教授13人，副教授21人，97.9%的教師具有博士學(xué)位。教師中有遼寧省百千萬人才工程百人層次7人，千人層次4人。學(xué)院教師實(shí)力雄厚，基礎(chǔ)堅(jiān)實(shí)，具有豐富的教學(xué)經(jīng)驗(yàn)和很強(qiáng)的科技創(chuàng)新能力，在中藥及天然藥物活性成份研究領(lǐng)域處于國(guó)內(nèi)外領(lǐng)先水平。近三年來承擔(dān)國(guó)家重大科學(xué)研究計(jì)劃項(xiàng)目7項(xiàng)， 國(guó)家授權(quán)專利53項(xiàng)，承擔(dān)國(guó)家省市縱向課題157項(xiàng)，其中國(guó)家自然基金項(xiàng)目19項(xiàng)，發(fā)表SCI文章430余篇。
學(xué)院積極開展國(guó)際合作與交流，多次邀請(qǐng)國(guó)外知名專家來校講學(xué)，積極選派青年教師到國(guó)外參加進(jìn)修學(xué)習(xí)，促進(jìn)了學(xué)科發(fā)展。先后承辦第六屆中日韓生藥學(xué)國(guó)際學(xué)術(shù)研討會(huì)、第十一屆中藥和天然藥物學(xué)術(shù)研討會(huì)、第十二屆全國(guó)中藥標(biāo)本館學(xué)術(shù)研討會(huì)和第九屆中國(guó)中藥鑒定學(xué)教學(xué)研討會(huì)等會(huì)議，為中藥學(xué)的發(fā)展做出了積極的貢獻(xiàn)。目前學(xué)院與美國(guó)，英國(guó)，葡萄牙，日本，韓國(guó)等多個(gè)國(guó)家的大學(xué)及研究機(jī)構(gòu)建立了良好的合作關(guān)系，每年選派優(yōu)秀本科生，研究生赴國(guó)外進(jìn)行交流。