水文水資源學(xué)院前身為1952年建立的華東水利學(xué)院水文系；1984年更名為水資源水文系；1995年，學(xué)校內(nèi)部機(jī)構(gòu)調(diào)整，水資源水文系和環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院合并，成立水文水資源及環(huán)境學(xué)院；2002年，調(diào)整為水資源環(huán)境學(xué)院；2007年更名為水文水資源學(xué)院。
1952年著名水文學(xué)家劉光文教授等創(chuàng)建新中國(guó)第一個(gè)水文系，1954年，創(chuàng)建我國(guó)第一個(gè)陸地水文本科專(zhuān)業(yè)，并于1955年開(kāi)始招收研究生，是我國(guó)第一批培養(yǎng)研究生的學(xué)科點(diǎn)。1981年首批獲得學(xué)士、碩士和博士學(xué)位授予權(quán)。1988年水文學(xué)及水資源學(xué)科被評(píng)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科（該學(xué)科全國(guó)唯一），之后2002和2007年連續(xù)兩次又被評(píng)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科。1993年建成水資源開(kāi)發(fā)利用國(guó)家專(zhuān)業(yè)實(shí)驗(yàn)室，2001年，獲批設(shè)立水資源開(kāi)發(fā)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2004年獲批為水文水資源與水利工程科學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2005年獲批建設(shè)水資源高效利用與工程安全國(guó)家工程研究中心。1996、2002和2008年水文學(xué)及水資源學(xué)科分別列入“九五”、“十五”和“十一五”國(guó)家“211工程”重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)項(xiàng)目。2008年水文學(xué)及水資源學(xué)科創(chuàng)新引智基地入選教育部、國(guó)家外國(guó)專(zhuān)家局“高校學(xué)校學(xué)科創(chuàng)新引智計(jì)劃”(111計(jì)劃)。2008年經(jīng)教育部、財(cái)政部批準(zhǔn)建設(shè)“全球水循環(huán)與國(guó)家水安全”優(yōu)勢(shì)學(xué)科創(chuàng)新平臺(tái)（俗稱(chēng)“小985”）。
學(xué)院現(xiàn)設(shè)有水文與水資源工程系、水務(wù)工程系和城市資源環(huán)境系；水文預(yù)報(bào)研究所、工程水文及水文氣象研究所、水資源研究所、水文水利自動(dòng)化研究所、城市水務(wù)工程研究所、水生態(tài)環(huán)境研究所、干旱研究所、中德水資源研究所；全球變化與水循環(huán)研究中心、平原河流與湖泊水文研究中心；河海大學(xué)水問(wèn)題研究所和國(guó)際河流研究所；水資源環(huán)境實(shí)驗(yàn)中心。1997年，聯(lián)合國(guó)教科文組織通過(guò)專(zhuān)門(mén)議案，在我校設(shè)立UNESCO國(guó)際水文水資源及環(huán)境培訓(xùn)與研究中心。學(xué)院現(xiàn)有教職工104人，教授34名，博士生導(dǎo)師28名，副高30名,享受?chē)?guó)務(wù)院政府特殊津貼專(zhuān)家4名，新世紀(jì)“百千萬(wàn)工程”國(guó)家級(jí)人選1名，雙聘院士5名。
學(xué)院擁有水利學(xué)科博士后流動(dòng)站；三個(gè)博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)：水文學(xué)及水資源、城市水務(wù)、生態(tài)水利學(xué)；五個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)：水文學(xué)及水資源、城市水務(wù)、生態(tài)水利學(xué)、自然地理學(xué)和人文地理學(xué)，并招收水利工程碩士學(xué)位研究生；設(shè)有水文與水資源工程、水務(wù)工程、自然地理與資源環(huán)境三個(gè)本科專(zhuān)業(yè)。60多年來(lái)，已培養(yǎng)本、專(zhuān)科畢業(yè)生近10000名，研究生2000多名；獲得 全國(guó)優(yōu)秀博士論文和論文提名各1篇，國(guó)家級(jí)教學(xué)成果獎(jiǎng)1項(xiàng)，國(guó)家精品課程2門(mén)，國(guó)家雙語(yǔ)教學(xué)示范課程2門(mén)，中國(guó)大學(xué)精品視頻公開(kāi)課1門(mén)，國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)1支，國(guó)家首批特色專(zhuān)業(yè)1個(gè)，國(guó)家級(jí)水利學(xué)科專(zhuān)業(yè)、水利工程實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心各1個(gè)。2000年以來(lái)主持與承擔(dān)1200余項(xiàng)包括國(guó)家“973”課題、“863”課題、國(guó)家自然科學(xué)基金重大、重點(diǎn)項(xiàng)目、國(guó)家科技攻關(guān)和直接服務(wù)于國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)的科研項(xiàng)目，經(jīng)費(fèi)總額4.1億元，發(fā)表論文3500余篇，出版專(zhuān)著和教材60多部，獲部省級(jí)以上科技獎(jiǎng)60余項(xiàng)，其中國(guó)家科技獎(jiǎng)6項(xiàng)，參與國(guó)際學(xué)術(shù)交流500多人次，擁有教育部長(zhǎng)江學(xué)者創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。
多年來(lái)，學(xué)院一直秉承“繼承與發(fā)展”的方針，注重學(xué)術(shù)積累，已逐步形成覆蓋水文、水資源、水環(huán)境及3S技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域的比較穩(wěn)定的研究方向，有一支理論基礎(chǔ)深厚、實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)豐富的老、中、青相結(jié)合的學(xué)術(shù)帶頭人和學(xué)術(shù)骨干隊(duì)伍，有全國(guó)較齊全的水文圖書(shū)資料和先進(jìn)的實(shí)驗(yàn)研究設(shè)施，并與國(guó)內(nèi)外水文水資源領(lǐng)域著名的學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)建立了良好的合作關(guān)系。學(xué)院緊密跟蹤與引導(dǎo)學(xué)科發(fā)展趨勢(shì)，積極參與解決國(guó)民經(jīng)濟(jì)建設(shè)中的重大水文水資源及環(huán)境問(wèn)題，總體上居國(guó)際先進(jìn)水平。