1956年9月，中央音樂學院在全國音樂藝術院校中，率先建立了音樂學系(Musicology Department )。經過近60年的辛勤工作，音樂學系在學科建設上已形成相對完整的教學體系和相對雄厚的學術力量。1982年，國務院學位委員會批準中央音樂學院音樂學學科為碩士學位授權點；1988年，為博士學位授權點。目前，除音樂學專業(yè)外，音樂藝術管理和音樂治療專業(yè)也具有碩士學位授權資格。在音樂學學科的專業(yè)設置、課程結構、師資隊伍、學術研究、人才培養(yǎng)等方面，中央音樂學院音樂學系站在全國音樂學學科建設與發(fā)展前列，是中國音樂學學科教學和研究的一個重要基地。
　　音樂學系目前設中國音樂史、中國傳統(tǒng)音樂理論、西方音樂史、音樂美學、世界民族音樂理論、音樂藝術管理、音樂治療7個專業(yè)方向，有民族音樂實驗室、多媒體工作室、世界音樂演奏實習中心、歐洲早期音樂中心、音樂美學研究中心、音樂心理學研究室，另附設中央音樂學院遠程教育學院認證課室。各專業(yè)所設課程總和已超過80余門。在這些理論課程中，有多門在國內屬唯一開設。所有主干課程（含中國傳統(tǒng)音樂、中國音樂史、西方音樂史、世界民族音樂、音樂美學）均具有我系教師自編教材和現(xiàn)代化教學能力。從建系至今，音樂學系教師已出版和發(fā)表專著、教材和論文萬余部（篇），許多研究成果填補了國內外音樂學學科建設的空白，并被國內和海外多所院校采用。
　　音樂學系現(xiàn)有教授24名（含外籍特聘教授2名），副教授8名；博士生指導教師26名（含4名外聘博導），碩士生指導教師45名（含博士生導師）；另有講師4名，助教1名，外聘教師4名。
　　2015年，音樂學系在校學生共275人，其中本科生音樂學專業(yè)80人，藝術管理專業(yè)27人，音樂治療專業(yè)28人；碩士研究生90人，博士生50人。